Hidrogen peroksida terhasil dalam manusia dan haiwan-haiwan lain sebagai bahan sampingan tindak-tindak balas biokimia dan berbahaya kepada sel.

Peroksisom, sejenis organel yang wujud di sel-sel makhluk eukariot,[9] menghasilkan hidrogen peroksida akibat tindak-tindak balas oksidatif oleh enzim-enzim peroksisom. Enzim katalase pada peroksisom menggunakan hidrogen peroksida yang terhasil untuk mengoksidakan substrat-substrat seperti alkohol dan fenol.

R ′ H 2 + H 2 O 2 ⟶ R ′ + H 2 O {\displaystyle {\ce {R'H2 + H2O2 -> R' + H2O}}}

Secara umumnya, enzim-enzim yang menguraikan hidrogen peroksida tergolong dalam satu kumpulan enzim iaitu peroksidase.

Sedikit jumlah hidrogen peroksida boleh ditemui di dalam madu, dan terhasil melalui pengoksidaan glukosa oleh enzim glukosa oksidase dalam lebah. Hidrogen peroksida terlibat dalam menghambat pertumbuhan bakteria serta penguraian DNA, tetapi banyak dibantu oleh bahan-bahan kimia lain dalam madu.[10]